I. 背景 | |
HCoV-229E和HCoV-OC43都是在1960年代发现的,多年来一直被公认为引起普通感冒的原因,并在一生中引起频繁的再感染。在成年人中,这些病毒每年占急性呼吸道疾病的 4%至15%,在高峰期高达35%。儿童的年发病率达到8%,最高发病率高达20%。据报道,成人中229E和OC43病毒的感染频率为每年每100人15至25人不等,其中有80%的感染者是先前具有该感染病毒抗体的人。 根据CDC和WHO的介绍,针对HCoV-229E的核酸酸诊断一般是针对RdRP (RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N和Gene E, Gene S更多用于对应药物和疫苗的开发。NCBI收录序列为NC_002645.1,全长27317bp,基因编码4个结构蛋白:S,M,N和E。 以往针对试剂盒检测限的性能评价,一般是选择体外转录的RNA、或者临床阳性病毒来作为标准品,用于性能评价。但是两者都具有很明显的确定,首先体外转录的RNA,一般是很纯,单一,不涉及提取,不符合临床病毒的微环境,因此必然造成检测灵敏度被高估,这也是存在高概率假阴性的主要原因;再次临床阳性病毒,即使是灭活的病毒,也是存在很大的生物安全隐患,因此要求实验室级别为P3-P4,大部分开发诊断试剂盒单位都不满足改要求,另外临床阳性病毒也是来源很有限,不能被稳定供应,反复用于试剂盒的性能评价。 |
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II.产品描述 | |
有病毒的完整包膜结构,有HCoV-229E对应的核酸序列,但是生物安全风险较低的假病毒标准品,完美的克服了选择体外转录的RNA、或者临床阳性病毒来作为标准品的缺点,非常适合用于核酸诊断性能评价的标准品。 构建过程:HCoV-229E基因合成→假病毒包装→纯化→QC检测(ddPCR) |
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III. 产品介绍 | |
产品名称: | hCov-229E-Panel Pseudovirus Standard Reference |
对应序列(详情见附录): |
ORF1ab/RdRP(2780bp)、Gene N(1170bp)、Gene E(234bp) |
产品规格: | 1ml |
拷贝数: | |
生物安全级别: | P2 |
运输与保存方式: | 干冰运输,-90 ~ -70°C保存 |
有效期: | |
IV. 产品用途与优势 | |
产品用途: | HCoV-229E诊断试剂盒性能评价 |
产品优势: | • HCoV-229E的假病毒标准品,区别于以往体外合成的RNA、临床阳性活病毒,完美克服两者的缺点,真正适合用于试剂盒的性能评价,包含检测限、特异性,重复性等;
• 根据HCoV-229E冠状病毒的特点,选取了ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)合计3个区段的序列,用于假病毒的包装,3个区段很好的表征了HCoV-229E的特征序列; • 304am永利集团设计了ddPCR体系的引物、探针序列,可不需要构建标准曲线的前提下完成对假病毒的QC拷贝数检测,非常准确表征标准品的拷贝数,而且克服了Q-PCR分析CT值的相对判断标准的不准确性; • 假病毒标准品,无致病性,可再生,质控方法可靠,批次间稳定,可以长期稳定制备和供应,而且要求实验室生物安全级别为P2,满足很多单位的安全需求。 |
Ⅴ. 附录 | |
ORF1ab/RdRP: 1 agttttgata gcagttattt aaacgagtca ggggctctag tgccgctcga ctagagccct
61 gtaatggtac agacatagat tactgtgtcc gtgcatttga cgtttacaat aaagatgcgt
121 cttttatcgg aaaaaatctg aagtccaatt gtgtgcgctt caagaatgta gataaggatg
181 acgcgttcta tattgttaaa cgttgcatta agtcagttat ggaccacgag cagtccatgt
241 ataacttact taaaggctgt aatgctgttg ctaagcatga tttctttact tggcatgagg
301 gcagaaccat ttatggtaat gttagtagac aggatcttac taaatacacc atgatggatt
361 tgtgcttcgc tctgcgtaac tttgatgaaa aagattgtgg agtttttaag gagatattgg
421 ttcttactgg ttgttgtaat actgattact ttgaaatgaa gaattggttt gaccccatag
481 aaaatgagga catacaccgt gtgtatgctg ctttaggcaa ggtagttgca aatgcaatgc
541 ttaagtgtgt tgctttttgc gacgaaatgg tgctcaaagg agttgttggt gttttgacct
601 tagacaacca agatcttaat gggaatttct atgacttcgg tgattttgta ttgtgtcctc
661 ctggaatggg aataccctac tgcacgtcat actatgctta tatgatgcct gttatgggta
721 tgactaattg tttagctagt gagtgcttta tgaaaagtga catctttggt caagacttca
781 aaacttttga tttgttgaaa tatgatttca cagaacataa ggaggttttg tttaacaagt
841 actttaagta ttggggacag gattatcatc ctgattgtgt tgattgccat gacgagatgt
901 gtattttgca ttgttcaaat tttaacacac tcttcgcaac cacaattcca aacacagctt
961 ttggacctct gtgcagaaaa gtgtttattg atggtgtacc cgtagttgct actgctggtt
1021 accactttaa acaattagga cttgtgtgga acaaagatgt taacacccat tctaccagac
1081 ttactattac tgaactctta cagtttgtga cagatccaac gcttatagtt gcgtcatcgc
1141 ctgccttggt ggacaaacgc actgtttgtt tttctgtcgc tgctttgagt acaggattaa
1201 catcccaaac agtaaaacct ggccatttta ataaggagtt ttatgacttc ttacgttctc
1261 aagggttttt cgatgagggt tcagaattaa cattgaagca tttctttttt acacaaaagg
1321 gtgatgctgc aattaaagat tttgattatt atcgttacaa cagacctacc attctggata
1381 ttggacaagc tcgcgtagca tatcaagtgg cagctcgcta ttttgactgt tacgagggtg
1441 gctgtattac atctagagag gttgttgtta caaaccttaa taaaagcgct ggttggcccc
1501 ttaataagtt tggtaaagct ggtttatatt atgagtctat tagttatgag gaacaagatg
1561 ctattttttt attaacaaag cgtaatattc tccctactat gactcagtta aatcttaaat
1621 atgccatatc tggtaaggaa cgtgcacgta cagtgggtgg cgtctcttta ttagctacta
1681 tgactacacg acagtttcat cagaaatgtc taaaatccat agtagctacc agaaatgcca
1741 ctgttgttat cggcactacc aagttttatg gcggttggga taatatgtta aagaacctga
1801 tggccgatgt tgacgatcct aaattgatgg gatgggacta tcctaagtgc gatagagcta
1861 tgccctcaat gattcgtatg ttgtcggcta tgattttagg ttctaagcat gtcacatgtt
1921 gtacggctag tgataaattt tatagactta gtaatgagct tgctcaagtt ttgaccgagg
1981 ttgtttattc aaatggtggg ttttatttta aacctggtgg tacaacttct ggtgatgcaa
2041 ctacagccta cgccaattct gtctttaata tatttcaggc tgtaagttct aacattaatt
2101 gcgttttgag cgttaactcg tcaaattgca ataattttaa tgttaagaag ttacagagac
2161 aactctatga taattgctat agaaatagta atgttgatga atcttttgtg gatgactttt
2221 atggttattt gcaaaagcat ttttctatga tgattctttc tgatgatggt gttgtgtgct
2281 ataataaaac ttatgctgaa cttggttaca ttgctgatat tagtgctttt aaagccactt
2341 tgtattatca gaatggtgtg tttatgagta cagctaagtg ttggactgag gaagatcttt
2401 ctataggacc tcatgaattt tgctcacagc acactatgca gattgtagat gaaaatggta
2461 agtattatct accatatcca gatcctagcc gtattatttc tgctggtgtt tttgtggatg
2521 acgtcactaa gactgatgct gtcattcttt tggaacgcta tgtttctctg gctatagatg
2581 catacccatt gtctaagcat cctaaacctg agtacaggaa ggtgttttac gcattgttag
2641 attgggttaa acatctcaac aagactctta acgaaggtgt tttggagtct ttttctgtta
2701 cacttttaga tgaacatgag tctaagtttt gggatgaaag cttttatgct agtatgtatg
2761 agaagtctac agtattacaa
Gene N: atggc tacagtcaaa tgggctgatg catctgaacc acaacgtggt cgtcagggta
25741 gaatacctta ttctctttat agccctttgc ttgttgatag tgaacaacct tggaaggtga
25801 tacctcgtaa tttggtaccc atcaacaaga aagacaaaaa taagcttata ggctattgga
25861 atgttcaaaa acgtttcaga actagaaagg gcaaacgggt ggatttgtca cccaagctgc
25921 atttttatta tcttggcaca ggaccccata aagatgcaaa atttagagag cgtgttgaag
25981 gtgtcgtctg ggttgctgtt gatggtgcta aaactgaacc tacaggttac ggtgttaggc
26041 gcaagaattc agaaccagag ataccacact tcaatcaaaa gctcccaaat ggtgttactg
26101 ttgttgaaga acctgactcc cgtgctcctt cccggtctca gtcgaggtcg cagagtcgcg
26161 gtcgtggtga atccaaacct caatctcgga atccttcaag tgacagaaac cataacagtc
26221 aggatgacat catgaaggca gttgctgcgg ctcttaaatc tttaggtttt gacaagcctc
26281 aggaaaaaga taaaaagtca gcgaaaacgg gtactcctaa gccttctcgt aatcagagtc
26341 ctgcttcttc tcaaacttct gccaagagtc ttgctcgttc tcagagttct gaaacaaaag
26401 aacaaaagca tgaaatgcaa aagccacggt ggaaaagaca gcctaatgat gatgtgacat
26461 ctaatgtcac acaatgtttt ggccccagag accttgacca caactttgga agtgcaggtg
26521 ttgtggccaa tggtgttaaa gctaaaggct atccacaatt tgctgagctt gtgccgtcaa
26581 cagctgctat gctgtttgat agtcacattg tttccaaaga gtcaggcaac actgtggtct
26641 tgactttcac tactagagtg actgtgccca aagaccatcc acacttgggt aagtttcttg
26701 aggagttaaa tgcattcact agagaaatgc aacaacatcc tcttcttaac cctagtgcac
26761 tagaattcaa cccatctcaa acttcacctg caactgctga accagtgcgt gatgaagttt
26821 ctattgaaac tgacataatt gatgaagtaa actaa
Gene E: a tgttccttaa gctagtggat gatcatgctt
24781 tggttgttaa tgtactactc tggtgtgtgg tgcttatagt gatactacta gtgtgtatta
24841 caataattaa actaattaag ctttgtttca cttgccatat gttttgtaat agaacagttt
24901 atggccccat taaaaatgtg taccacattt accaatcata tatgcacata gaccctttcc
24961 ctaaacgagt tattgatttc taa
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